No início da 3ª Temporada, Mulder está desaparecido e é dado como morto… apesar de Scully ter uma visão de que ele está vivo. Mas mesmo após se reencontrarem, cada um deles terá que enfrentar uma perda pessoal, tragédias que servem para uní-los ainda mais. E logo eles percebem que dependem dessa união para enfrentar velhos inimigos que ressurgem e para lidar com o desmoronar de noções preconcebidas. Sete indicações ao Prêmio Emmy em 1995 e o fato de ter ganhado novamente o Globo de Ouro como Melhor Série Dramática apenas serviram para aumentar a euforia do público pela série Arquivo X. Fãs começaram a comparecer em massa a convenções por todo o país, ansiosos por encontrarem outros aficionados para discutirem algumas teorias próprias sobre a conspiração. Simultaneamente, o Arquivo X se tornou a série no. 1 na Espanha e Grã Bretanha, e um sucesso do dia para a noite no Japão.